O. Efrem ostatni okres swojego życia przeżył w Warszawie, w klasztorze przy ul. Miodowej. Wcześniej, wracając w 1965 roku do Polski zatrzymał się u rodziny w Kcyni, następnie w Zakroczymiu, a potem w Warszawie. Podkreślał, że chce umrzeć w Polsce - pisał w liście - "Mam jedno tylko pragnienie, spoczywać w ojrzystej ziemi, za której "Ojcze nasz" byłem katowany w strajku szkolnym..." Został pochowany w krypcie warszawskiego kościoła pw. Przemienienia Pańskiego przy ul. Miodowej...